Skarbówka sprawdza lekarzy. Miliony złotych nieprawidłowości

Skarbówka coraz dokładniej przygląda się rozliczeniom lekarzy prowadzących jednoosobowe działalności gospodarcze. Pod lupę trafiają m.in. faktury, deklarowane przychody, rozliczenia podatku VAT i  liczba wykonanych wizyt.

Od 1 stycznia 2025 roku do końca czerwca 2026 roku organy skarbowe przeprowadziły wobec lekarzy około 23 tys. czynności sprawdzających. Łączna wartość wykrytych nieprawidłowości wyniosła blisko 109 mln zł.

Trzeba jednak podkreślić, że czynności sprawdzające nie są tym samym co formalna kontrola podatkowa. Mogą polegać m.in. na porównaniu danych znajdujących się w deklaracjach, fakturach oraz innych dokumentach dostępnych administracji skarbowej.

W badanym okresie przeprowadzono 82 kontrole podatkowe. Ich ustalenia przekroczyły 9,4 mln zł, co oznacza średnio ponad 114 tys. zł nieprawidłowości na jedną kontrolę.

Skarbówka sprawdza m.in., czy lekarze prawidłowo ustalali podstawę opodatkowania, terminowo wpłacali zaliczki oraz składali wymagane deklaracje. Kontrolerzy analizują także rozbieżności pomiędzy liczbą deklarowanych wizyt a liczbą wystawionych recept.

W niektórych przypadkach urzędnicy mogą również kontaktować się z pacjentami. Pytania mogą dotyczyć przebiegu wizyty, czasu jej trwania oraz wysokości zapłaconej kwoty.

Nie oznacza to jednak, że każdy błąd wykryty przez fiskusa był celowym oszustwem. Pojęcie nieprawidłowości obejmuje także błędne interpretacje przepisów, nieprawidłowo wypełnione deklaracje czy nieterminowe płatności.

Jednym z najważniejszych obszarów kontroli jest stosowanie zwolnienia z podatku VAT przy zabiegach medycyny estetycznej.

Usługi medyczne mogą być zwolnione z VAT, jeżeli ich celem jest m.in. profilaktyka, ratowanie, przywracanie lub poprawa zdrowia. Jeżeli jednak zabieg wykonywany jest wyłącznie w celu poprawienia wyglądu i nie ma uzasadnienia medycznego, powinien być zasadniczo objęty 23-procentową stawką VAT.

Sam fakt, że usługę wykonuje lekarz, nie wystarcza więc do zastosowania zwolnienia. Kluczowe znaczenie ma cel zabiegu i odpowiednia dokumentacja medyczna.

Od kwietnia 2026 roku wielu lekarzy pracujących na kontraktach musi wystawiać faktury za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur. Dzięki temu administracja skarbowa ma łatwiejszy dostęp do danych i może szybciej porównywać rozliczenia lekarzy z dokumentacją szpitali oraz przychodni.

Eksperci spodziewają się, że liczba analiz i kontroli w tej branży może rosnąć. Nie oznacza to jednak, że podejrzane jest całe środowisko lekarskie. Fiskus typuje bowiem do kontroli przede wszystkim te podmioty, w przypadku których wcześniej wykryto rozbieżności lub pojawiło się ryzyko nieprawidłowych rozliczeń.